Po sačuvanim starim zapisima, Bođane je sazidao izvesni trgovac Bogdan koji je izlečio oči na obližnjem izvoru, pa je iz zahvalnosti sagradio pravoslavnu bogomolju na mestu iscelenja 1478 god. Po svemu sudeći izgleda da je naziv manastira kao i samog mesta izveden iz ktitorovog imena. Manastir su kasnije razorili Turci , ali su ga kaluđeri ponovo sagradili, da bi bio do temelja bio spaljen u doba Rakocijeve bune.

Sadašnju crkvu je negde u XVII veku podigao bogati Mihajlo Temišvarlija iz Segedina, kao četvrto crkveno zdanje na istom mestu. Veliki konak i crkva u Bođanima sagrađeni su u baroknom stilu, živopis je slikao poznati zoograf tog doba Kristofor Žefarović. U konaku je i bogat, stručno uređen muzej sa mnogim starinskim gravirama, uljanim slikama, crkvenim posudama, štamparskom presom i sl. U manastiru se čuvaju i brojni predmeti doneti iz manastira Manasije. Manastir je od izgradnje u XV veku pa sve do 1991. god. bio muški manastir. Od 1991. god. preuzimaju ga monahinje.

O lepoti ovog manastira govori i prednje dvorište prepuno cveća i drveća. Manastir poseduje i nekoliko hektara zemlje pod šumom i voćnjacima. Danas je manstir ponovo muški, a u njemu borave monasi iz manastira Kovilj. Manastir Bođani i manastir Kovilj su jedina dva pravoslavna manastira na prostoru Bačke. U blizini manastira kod sela Vajska otkrivena je neolitska nekropola sa nalazima keramike i nekropola iz vremena seobe naroda sa zidanim grobnicama.

      
Manastir Bođani (1478. godina)